分子动力学模拟GROMACS(初级培训班第二期)第一轮通知日期:2018-06-28 17:36:28 阅读:

 联合主办单位:格致斯创迅奇(北京)科技有限公司&国家超级计算深圳中心

时间:2018年8月3~6日

 地点:北京应物会议中心

 

        格致斯创已成功举办多次系列软件培训班,学员达到上百名,收到越来越多的模拟计算软件爱好者的支持和好评,为了满足更多的学员能够有机会参加学习,格致斯创公司将于2018年8月3~6日(共4天)在北京应物会议中心举办“分子动力学模拟GROMACS—初级培训班”欢迎各位老师和同学报名参加!


       GROMACS是一款功能强大的分子动力学计算软件,开源免费,可扩展性强,计算速度快,主要用于蛋白质、磷脂、核酸等生物体系的模拟,亦可用于聚合物、超分子自组装等非生物体系的大尺度分子动力学计算。支持Amber、CHARMM、GROMOS、OPLS和粗粒化Martini等多种分子力学力场模型。力场和参数文件为纯文本格式,方便用户编辑。同时,集成了多种命令处理输入和输出文件,且所有命令具有近似统一的调用格式,简单易学,吸引了越来越多从事生物分子模拟的科研工作者使用。


       本次基础培训班可以为广大GROMACS初学者提供一个良好学习平台,在较短的时间内对分子动力学理论以及GROMACS使用的基础知识进行更有效的掌握,为今后更深一步的分子动力学模拟打下坚实的基础。


 

所有来参加培训的学员都可以进行上机操作练习,由国家超级计算深圳中心为学员提供充足稳定的测试资源。国家超级计算深圳中心采用曙光6000超级计算系统,每个计算节点由2颗Intel X5650六核心处理器组成、主频2.66GHz,内存48 GB Mem,NV Fermi C2050 GPGPU,QDR IB网络,曙光ParaStor或Lustre并行文件系统。整体计算能力实测峰值为1.271千万亿次浮点运算(1.271PFLOPS)。

 

►培训课程:


 第一天

8:30--9:00                             

学员报道,领取资料。


9:00--11:30                       

分子模拟简介:分子模拟方法的选择;

分子动力学理论:模拟框架、积分方法、分子力学、系统、常用软件等。


13:30--17:00                       

 

Linux基础/GROMACS的编译/作业提交

GROMACS文件类型、参数设置、模拟流程、分析工具

GROMACS实例演示(纯水体系)

GROMACS上机实践(有机溶剂体系):预习/学员上机练习

 


第二天

8:30--11:30 GROMACS上机实践1

溶剂体系

 

利用GROMACS完成水和有机溶剂(甲醇和环己烷)的模拟,进行温度、密度、偶极矩、介电常数、蒸发焓、扩散系数、径向分布等计算分析。同时,完成学员上机实践1的一对一答疑。

学员在此阶段可学习Amber力场参数的构建、标准的分子动力学计算流程以及GROMACS内置的数据分析程序,以及加深对GROMACS文件类型、分子处理、参数设置和关键命令的理解。

 

13:30--17:00   

生物分子三维结构展示软件学习(Discovery Studio Visualizer);

生物分子高质量三维图片的制作;

VMD软件对模拟轨迹文件的可视化;

GROMACS上机实践(金属离子体系):预习/学员上机练习


第三天

8:30--11:30 GROMACS上机实践2

金属离子体系

利用GROMACS完成镁离子(Mg2+)和铜离子(Cu2+)在水溶剂中的模拟,金属离子采用点电荷和虚拟原子两种模型表示,进行水合自由能、配位数、径向分布等计算分析。同时,完成学员上机实践2的一对一答疑。

学员在此阶段可学习金属离子的参数构建和优化,学习热力学积分计算溶剂化自由能的参数设置和分析方法。

 

13:30--17:00   GROMACS上机实践3

蛋白质/蛋白质-配体复合物体系

利用GROMACS完成蛋白质、蛋白质/配体在水溶液中的模拟计算,分析蛋白质的柔性、二级结构、亲/疏水面积、回旋半径、蛋白质/配体的结合能、距离、氢键等分析。

学员在此阶段可学习GROMACS对蛋白质和配体坐标文件的处理命令,了解软件对混合分子体系(蛋白质/配体/离子/水)的参数设置,进一步掌握GROMACS软件对蛋白质体系的分析程序。



 第四天

 

8:30--11:30 GROMACS上机实践4

双相体系

利用GROMACS完成双相体系(甲醇/水、环己烷/水)的设置以及蛋白质/核酸片段在双相体系中的分子模拟。

学员在此阶段可学习GROMACS对混合溶剂体系的处理和核酸体系的处理和构建,复习混合分子体系参数的设置,了解GROMACS对核酸分子的处理,尝试手动编辑力场参数文件。

 

13:30--17:00   GROMACS上机实践5

全原子和粗粒化分子动力学模拟实例讲解。

通过多个实例的演示,加强学员对GROMACS软件适用范围、mdp和top文件类型的编写、系统平衡、时间步长选择、力场参数选择和构建、出错调试等一系列重要问题的认识。

答疑解惑,互相讨论。


 

►主讲人介绍:

张老师,工学博士,有丰富的GROMACS使用经验,运用GROMACS所做的科研工作已发表在Journal of Physical Chemistry Letter,Journal of Chemical Theory and Computation,Journal of Chemical Information and Modeling等国际学术刊物。 

    

►培训班报名:

请编辑信息:单位-姓名-职务-邮箱-电话-税号 至邮箱 info@gainstrong.net

 或者点击分子动力学模拟GROMACS(初级培训班第二期)在线报名


►培训班联系人: 

刘经理,电话010-67506231,

13522434960

QQ:2938469688 

邮箱:liuhuanhuan@gainstrong.net

 

►培训班费用:

(包含教材费,培训费,不含差旅费、午餐费)

同一单位2人或以上参加,可享受优惠

 

人员 一人参加 两人及以上
老师 3000元/人 2700元/人
学生 2700元/人 2400元/人

备注:

(1)午餐可安排酒店自助餐,每天100元,算做培训费一同开发票。

(2)可以预订应物会议中心的住房,有单人大床房或者双人标间,价格都是350/天,住宿费用需学员自行向会议中心结算。

 

►汇款账号:

户名:格致斯创迅奇(北京)科技有限公司

开户银行:中国民生银行股份有限公司北京广安门支行

账号:693438855

 

►培训地点:

北京应物会议中心 

地址:海淀区花园路6号(近元大都遗址公园)