ACEMD软件免费线上技术研讨会日期:2018-10-29 15:08:19 阅读:

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时间:2018年11月6日

地点:国家超级计算深圳中心 

Acellera公司专注于开发各类软件和硬件的使用方案,不断优化分子动力学模拟的效率和吞吐量,它的第一个商业产品ACEMD,开创了针对分子模拟的图形处理元素(GPU)的先河,ACEMD是一款功能强大的生物分子动力学模拟软件包,该软件对NVIDIA GPU作了专门的优化。在单工作站上,ACEMD已经达到现有分子动力学模拟引擎的效能上限,是已知最快的生物分子动力学模拟软件。ACEMD支持CHARMM、AMBER、OPLS和Martini力场计算,为生物技术的研究提供更高效的解决方法。


       2018年11月6日格致斯创(北京)科技有限公司邀请来自Acellera公司商务与研发员Franck Chevalier博士来到国家超级计算深圳中心,举行一场关于ACEMD软件技术研讨会。届时我们将同时开放QQ群视频直播,欢迎各位感兴趣的老师同学在线参加。
请加入QQ群(计算模拟与在线讲座)425476324申请参加~
时间2018年11月6日下午14:30-16:30
主要内容:
1.分子动力学针对药物制备的发现:
a. 为什么现在要做它?
b. 什么是可以用MD模拟?
c. 使用Acellera公司的工具会输出什么?
2.Acellera工具:
a. ACEMD(介绍和要求)
b. AceCloud(介绍和要求)
c. 参数化(表示和要求)
d. HTMD(表示和需求)
3. 实例和论文
a. 蛋白质系统
b. 蛋白质配体
c. 蛋白-蛋白
d.核酸
4. 药物制备发现的前景
a. 为什么是人工智能(AI)?
b. 应用领域?
c. 分子- Akelina药物发现人工智能(AI)平台
d. 实例/应用案例
参考文献:
1. M. Harvey, G. Giupponi and G. De Fabritiis, ACEMD: Accelerated molecular dynamics simulations in the microseconds timescale, J. Chem. Theory and Comput. 5, 1632 (2009). 

2. S. Doerr, MJ. Harvey, F. Noé and G. De Fabritiis, HTMD: High-Throughput Molecular Dynamics for Molecular Discovery, J. Chem. Theory Comput. (2016) 12 (4), pp 1845-1852. 

3. G. Martinez-Rosell, T. Giorgino, G. de Fabritiis, Play Molecule Protein Prepare: a web application for protein preparation for molecular dynamics simulations in J. Chem. Inf. Model 2017, June 10.