分子动力学模拟GROMACS(初级培训班第四期)第一轮通知日期:2019-06-13 11:36:21 阅读:

 联合主办单位:格致斯创迅奇(北京)科技有限公司&国家超级计算深圳中心  

 

时间:2019年7月26日~28日

 地点:北京应物会议中心


 

GROMACS是一款功能强大的分子动力学计算软件,开源免费,可扩展性强,计算速度快,主要用于蛋白质、磷脂、核酸等生物体系的模拟,亦可用于聚合物、超分子自组装等非生物体系的大尺度分子动力学计算。支持Amber、CHARMM、GROMOS、OPLS和粗粒化Martini等多种分子力学力场模型。力场和参数文件为纯文本格式,方便用户编辑。同时,集成了多种命令处理输入和输出文件,且所有命令具有近似统一的调用格式,简单易学,吸引了越来越多从事生物分子模拟的科研工作者使用。为了满足更多的学员能够有机会参加学习,格致斯创公司将于2019年7月26日~28日(共3天)在北京应物会议中心举办“分子动力学模拟GROMACS—初级培训班”欢迎各位老师和同学报名参加!

 


本次基础培训班可以为广大GROMACS初学者提供一个良好学习平台,在较短的时间内对分子动力学理论以及GROMACS使用的基础知识进行更有效的掌握,为今后更深一步的分子动力学模拟打下坚实的基础。

 

 

所有来参加培训的学员都可以进行上机操作练习,由国家超级计算深圳中心为学员提供充足稳定的测试资源。国家超级计算深圳中心采用曙光6000超级计算系统,每个计算节点由2颗Intel X5650六核心处理器组成、主频2.66GHz,内存48 GB Mem,NV Fermi C2050 GPGPU,QDR IB网络,曙光ParaStor或Lustre并行文件系统。整体计算能力实测峰值为1.271千万亿次浮点运算(1.271PFLOPS)。

 

 

培训日程安排:

 

请学员提前熟悉linux 系统终端(Terminal)模式下的常用命令:pwdcdlsmkdirrmmvcatheadtail、管道操作“|”、文档编辑命令vi等。



 
 
第一天    

8:30--9:00

学员报道,领取资料。

9:00--11:30

分子模拟简介:分子模拟方法的选择;

分子动力学理论:模拟框架、积分方法、分子力学、系统、常用软件等。

13:30--17:00

        生物分子的结构搭建和三维可视化

         GROMACS的编译/Linux基础/作业提交

     GROMACS文件类型、参数设置、top文件详解、模拟流程、分析工具

GROMACS实例演示(纯水体系)


  

 

第二天

8:30--11:30   GROMACS上机实践1

溶剂体系

        完成水和有机溶剂(甲醇和环己烷)的参数设置和模拟,进行温度、密度、偶极矩、介电常数、蒸发焓、扩散系数、径向分布、粘度、表面张力、表面势能等计算分析。

          学员在此阶段可学习Amber/Charmm力场参数的构建、标准的分子动力学计算流程、气相和液相体系的模拟设置,以及GROMACS内置的数据分析程序,以及加深对GROMACS文件类型、分子处理、参数设置和关键命令的理解。

 

 

  

13:30--17:00  GROMACS上机实践2

蛋白质/蛋白质-配体复合物体系

        完成蛋白质、蛋白质/配体在水溶液中的模拟计算,分析蛋白质的柔性、二级结构、亲/疏水面积、回旋半径、蛋白质/配体的结合能、距离、氢键、静电和范德华作用等分析,同时尝试对氨基酸进行突变或修饰,并利用Discovery Studio Visualizer制作高质量三维结构图片。

        学员在此阶段可学习GROMACS对蛋白质和配体坐标文件的处理命令,了解软件对混合分子体系(蛋白质/配体/离子/水)的参数设置以及力场文件的修改,掌握GROMACS软件对蛋白质体系的分析程序。

 


  

 

第三天    

8:30--11:30   GROMACS上机实践3

分子对接与GROMACS优化

          利用Autodock Vina软件完成蛋白质-配体复合物的对接,并利用GROMACS进行进一步的结构优化和作用机理分析。

     学员在此阶段可学习Autodock Vina刚性和柔性对接的方法,复合物的结构预测及结合能的计算,进一步复习GROMACS软件对蛋白质-配体复合物体系的处理和结果分析。 

                   GROMACS上机实践4

 

          完成石墨烯、碳纳米管、金属有机骨架材料等体系的力场参数构建和分子模拟。学员在此阶段可学习GROMACS对规则材料和周期性体系的处理。

 

13:30--17:00       GROMACS上机实践5

 

膜蛋白体系和双相体系

       完成膜蛋白体系(蛋白嵌入磷脂双分子层)和双相体系(甲醇/水、环己烷/水,核酸/环己烷/水)的设置和模拟。

    学员在此阶段可学习GROMACS对膜蛋白体系、混合溶剂体系、核酸体系的处理和构建以及VMD软件对模拟轨迹文件的可视化,复习混合分子体系参数的设置,学习力场参数文件的获取和手动编辑。 

                             GROMACS上机实践6

粗粒化分子动力学模拟

     利用Martini力场完成环糊精和膜蛋白的粗粒化参数设置和模拟,比较全原子力场和粗粒化力场的差异和适用范围。加强学员对GROMACS软件适用范围、mdptop文件类型的编写、系统平衡、时间步长选择、力场参数选择和构建、出错调试等一系列重要问题的认识。

           答疑解惑,互相讨论。

 


 

►主讲人介绍:

张老师,工学博士,有丰富的GROMACS使用经验,运用GROMACS所做的科研工作已发表在Journal of Physical Chemistry Letter,Journal of Chemical Theory and Computation,Journal of Chemical Information and Modeling等国际学术刊物。 

 

 

►培训班报名:

  请编辑信息:单位-姓名-职务-邮箱-电话-税号 至邮箱 info@gainstrong.net

  或者点击分子动力学模拟GROMACS(初级培训班第四期) 在线报名 

 

 

►培训班联系人: 

 刘经理,电话010-67506231, 13522434960 

QQ:2938469688 

邮箱:lhh@gainstrong.net


 

►培训班费用:

 (培训班费用不含差旅费、午餐费)

 

同一单位2人或以上参加,可享受优惠 

人员 一人参加 两人及以上
老师 2600元/人 2300元/人
学生 2300元/人 2000元/人

备注:

 (1)午餐可安排酒店自助餐,每天100元,算做培训费一同开发票。

 (2)可以预订应物会议中心的住房,有单人大床房或者双人标间,价格都是350/天,住宿费用需学员自行向会议中心结算。


 

►汇款账号:

 

户名:格致斯创迅奇(北京)科技有限公司

 

开户银行:中国民生银行股份有限公司北京广安门支行

 

账号:693438855


 

 

►培训地点:

北京应物会议中心 

地址:海淀区花园路6号(近元大都遗址公园)