联合主办单位：格致斯创迅奇（北京）科技有限公司&国家超级计算深圳中心
时间：2021年4月9日~4月11日
格致斯创将在北京举办“分子动力学模拟GROMACS初级培训班-现场培训（时间：2021年4月9日~4月11日），欢迎各位老师和同学报名参加！
GROMACS是一款功能强大的分子动力学计算软件，开源免费，可扩展性强，计算速度快，主要用于蛋白质、磷脂、核酸等生物体系的模拟，亦可用于聚合物、超分子自组装等非生物体系的大尺度分子动力学计算。支持Amber、CHARMM、GROMOS、OPLS和粗粒化Martini等多种分子力学力场模型。力场和参数文件为纯文本格式，方便用户编辑。同时，集成了多种命令处理输入和输出文件，且所有命令具有近似统一的调用格式，简单易学，吸引了越来越多从事生物分子模拟的科研工作者使用。
本次基础培训班可以为广大GROMACS初学者提供一个良好学习平台，在较短的时间内对分子动力学理论以及GROMACS使用的基础知识进行更有效的掌握，为今后更深一步的分子动力学模拟打下坚实的基础。
所有来参加培训的学员都可以进行上机操作练习，由国家超级计算深圳中心为学员提供充足稳定的测试资源。国家超级计算深圳中心采用曙光6000超级计算系统，每个计算节点由2颗Intel X5650六核心处理器组成、主频2.66GHz，内存48 GB Mem，NV Fermi C2050 GPGPU，QDR IB网络，曙光ParaStor或Lustre并行文件系统。整体计算能力实测峰值为1.271千万亿次浮点运算(1.271PFLOPS)。
►培训日程安排：
请学员提前熟悉linux 系统终端（Terminal）模式下的常用命令：pwd、cd、ls、mkdir、rm、mv、cat、head、tail、管道操作“|”、文档编辑命令vi等。
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第一天 |
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8:00--9:00 |
学员签到，调整听课设备 |
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9:00--11:30 |
分子模拟简介；分子模拟方法的选择； 分子动力学理论：模拟框架、积分方法、分子力学、力场、系统、常用软件等。 |
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13:00--17:00 |
生物分子的结构搭建和三维可视化 GROMACS的编译/Linux基础/作业提交 GROMACS文件类型、参数设置、top文件详解、模拟流程、分析工具 GROMACS实例展示（纯水体系） |
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第二天 |
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8:00--11:30 |
GROMACS上机实践1 溶剂体系 完成水和有机溶剂（甲醇和环己烷）的参数设置和模拟，进行温度、密度、偶极矩、介电常数、蒸发焓、扩散系数、径向分布、粘度、表面张力、表面势能等计算分析。 学员在此阶段可学习力场参数的获得、gro和top的准备和修改、标准的分子动力学计算流程、气相和液相体系的模拟设置，以及GROMACS内置的数据分析程序，以及加深对GROMACS文件类型、分子处理、参数设置和关键命令的理解。 |
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13:00--17:00 |
GROMACS上机实践2 蛋白质/蛋白质-配体复合物体系 完成蛋白质、蛋白质/配体在水溶液中的模拟计算，分析蛋白质的柔性、二级结构、亲/疏水面积、回旋半径、蛋白质/配体的结合能、距离、氢键、静电和范德华作用等分析，同时尝试对氨基酸进行突变或修饰，并利用Discovery Studio Visualizer制作高质量三维结构图片。 学员在此阶段可学习GROMACS对蛋白质和配体坐标文件的处理命令，学习利用Amber/CHARMM/GROMOS/OPLS力场构建有机分子（药物、配体、溶剂）的参数，了解软件对混合分子体系（蛋白质/配体/离子/水）的参数设置以及力场文件的修改，掌握GROMACS软件对蛋白质体系的分析程序。 |
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第三天 |
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8:00--11:30 |
GROMACS上机实践3 分子对接与GROMACS优化 利用Autodock Vina软件完成蛋白质-配体复合物的对接，并利用GROMACS进行进一步的结构优化和作用机理分析。 学员在此阶段可学习Autodock Vina刚性和柔性对接的方法，复合物的结构预测及结合能的计算，进一步复习GROMACS软件对蛋白质-配体复合物体系的处理和结果分析。 GROMACS上机实践4 材料相关体系 完成石墨烯、碳纳米管、金属有机骨架材料等体系的力场参数构建和分子模拟。学员在此阶段可学习GROMACS对规则材料和周期性体系的处理。 |
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13:00--17:00 |
GROMACS上机实践5 膜蛋白体系和双相体系 完成膜蛋白体系（蛋白嵌入磷脂双分子层）和双相体系（甲醇/水、环己烷/水，核酸/环己烷/水）的设置和模拟。 学员在此阶段可学习GROMACS对膜蛋白体系、混合溶剂体系、核酸体系的处理和构建以及VMD软件对模拟轨迹文件的可视化，复习混合分子体系参数的设置，学习力场参数文件的获取和手动编辑。 GROMACS上机实践6 粗粒化分子动力学模拟 利用Martini力场完成蛋白质的粗粒化参数设置和模拟，比较全原子力场和粗粒化力场的差异和适用范围。加强学员对GROMACS软件适用范围、mdp和top文件类型的编写、系统平衡、时间步长选择、力场参数选择和构建、出错调试等一系列重要问题的认识。 答疑解惑，互相讨论。
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►主讲人介绍：
张老师，工学博士，有丰富的GROMACS使用经验，运用GROMACS所做的科研工作已发表在Journal of Physical Chemistry Letter，Journal of Chemical Theory and Computation，Journal of Chemical Information and Modeling等国际学术刊物。
►培训班报名：
请编辑信息：单位-姓名-职务-邮箱-电话-税号 至邮箱 info@gainstrong.net
►培训班联系人：
刘经理，电话010-67506231， 13522434960
QQ：2938469688
邮箱：info@gainstrong.net
►培训班费用：
同一单位2人或以上参加，可享受优惠
| 人员 | 一人参加 | 两人及以上 |
| 老师 | 2600元/人 | 2300元/人 |
| 学生 | 2300元/人 | 2000元/人 |
►汇款账号：
户名：格致斯创迅奇（北京）科技有限公司
开户银行：中国民生银行股份有限公司北京广安门支行
账号:693438855
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