HTMD(High-Throughput Molecular Dynamics)是特定于分子的可编程环境，用于准备，处理，模拟，可视化和分析分子系统。HTMD基于Python，因此科学家可以轻松地将其扩展到他们的需求。有了HTMD，仅需几行代码就可以完成非常复杂的分子动力学模拟协议。

在单个脚本中，可以设计整个计算实验，包括操作PDB，构建，执行和分析模拟，计算马尔可夫状态模型，动力学速率，亲和力等。

首先安装Miniconda3或者Anaconda3；

使用conda，可以通过运行以下命令轻松安装HTMD；

conda install -c acellera -c psi4 -c conda-forge htmd

使用HTMD之前，请阅读EULA并使用以下命令进行注册；

htmd_register

ACEMD3是下一代分子动力学模拟软件

• 快速安装，易于使用；

• 强大且经过测试的代码，并提供可用的技术支持；

• 专为GPU(图形处理单元)上的高性能而设计；

• 带集成HTMD的系统准备，模拟和分析从Python模块；

• 广泛用于学术和工业研究(超过600篇科学文献被引用）

ACEMD3是对先前版本的重大改进，新功能包括

• 简化的输入文件

• 改善了GPU的性能

• 支持CPU

• 约束更快

• 更好的恒压器

• NVIDIA GPU支持（Volta及更低版本）

• 其他GPU支持（通过OpenCL）

• GPU并行化

• CPU支持（用于调试）

• AMBER和CHARMM力场

• TIP3P水模型

• 与PME的有效静电相互作用

• 与配对列表和切换功能的有效范德华相互作用

• 有效的键约束和刚性水分子

• 氢重分配

• 单个原子和基团的位置限制

• 结构最小化

• 多步积分器

• 集成：NVE，NVT和NPT

• Langevin温控器

• 蒙特卡罗恒压器（各向同性和各向异性模拟箱）

• XTC格式的轨迹

• 可重启模拟

• 与HTMD集成

• 与PLUMED集成

ACEMD3可以通过conda命令安装

conda install -c acellera acemd3

Moleculekit是一个python库，提供用于操纵生物分子结构的面向对象的类和方法。使用一些简单的python命令，研究人员可以在许多不同的文件格式之间进行读取，写入和转换，排列结构并从分子中计算各种投影，例如RMSD，RMSF，二级结构，SASA等等。

两个主要类别是Molecule和SmallMol。Molecule用于处理较大的分子和与分子动力学（MD）相关的典型格式，例如PDB / PSF / PRMTOP等。另一方面，SmallMol（与SmallMolLib结合使用）旨在处理小分子的大型库，例如SDF文件。快速但更有限的方式。

这两类都支持在VMD桌面查看器和NGL jupyter-notebook查看器中进行可视化，以便于分子结构的可视化。

https://github.com/Acellera/moleculekit，

pip安装

pip install moleculekit

conda安装

conda install moleculekit -c acellera -c conda-forge

https://anaconda.org/acellera

https://anaconda.org/acellera/htmd

https://anaconda.org/acellera/parameterize

https://anaconda.org/acellera/acemd3

https://software.acellera.com/docs/latest/acemd3/install.html

https://software.acellera.com/install-htmd.html