第一天

9:00--11:30

linux系统简介，常用基础命令操作讲解

windows 版本的lammps安装使用

超算平台作业调度系统LSF介绍，作业提交、查询，状态监控

分子模拟发展历史、分子模拟的优势和局限

分子模拟的基本框架：建模（前处理）、采样（模拟）、分析（后处理）

基本动力学方程：分子动力学的基本假设和理论框架

数值算法：分子动力学常用的数值算法及选择它们的理由

运动方程/边界/截断/长程作用/系综/控温控压等一系列基本概念介绍

力场（经验势函数）：如何针对不同系统选用不同的势函数，此部分为分子动力学核心。同时介绍一点MD的GPU计算相关内容。

13:30--17:00  LAMMPS上机实战1

用 LAMMPS操作完成Lennard-Jones melt问题的分子动力学模拟，了解in文件的基本结构及其逻辑安排，学习最常用的lammps命令，包括有序结构初始构型的建立方法、时间步长的设置、构型的输出，通过ovito可视化软件来看动画做图片以及结构分析等。

  第二天

 9:00--11:30   LAMMPS上机实战2

用LAMMPS操作完成  crack、shear、flow、friction等问题的分子动力学模拟，并将结果利用VMD、OVITO软件进行可视化。学员在此阶段可进一步学习LAMMPS in文件的编写及可视化软件VMD的使用，制作精美图片、动画。通过练习，学员亲自上机实践，加深对lammps关键命令的理解。

13:30--17:00   LAMMPS上机实践3

学习data文件的结构以及编写方法和注意事项， 学习用VMD、packmol、Moltemplate、MS软件、topotool命令来建立涉及水、碳管、石墨烯、高分子链、复合系统等的初始构型，并导出lammps能用的data文件的方法。通过具体的练习，亲自操作，加深学员对于软件的掌握。

  第三天

  9:00--11:30  LAMMPS上机实践4

利用LAMMPS完成melt, crack问题的研究，并分析模拟结果。运用lammps对系统施加不同力学载荷、模拟磁场、电场以及控温、控压等操作的实现；学习用lammps输出分析所需要的系统不同层次的信息的方法；进一步讲解VMD、OVITO在模拟结果分析中的作用。通过具体练习加深学员对lammps施加不同载荷的命令的理解。

13:30--17:00  LAMMPS上机实践5

全原子分子动力学模拟、粗粒化分子动力学模拟实例讲解。通过多个例的演示学习，加强学员对lammps模拟中数值模型的建立、主要文件的编写、系统平衡、时间步长选择、出错调试等等一系列重要问题的认识。

答疑解惑，互相讨论