ACEMD是一款功能强大的生物分子动力学模拟软件包，该软件对NVIDIA GPU作了专门的优化。在单工作站上，ACEMD已经达到现有分子动力学模拟引擎的效能上限，是已知最快的生物分子动力学模拟软件。ACEMD支持CHARMM、AMBER、OPLS和Martini力场计算。

       ACEMD具有功能强大的脚本和扩展接口，允许复制交换方法的多主机执行方式。ACEMD主要用于模拟蛋白质、低聚糖、核酸、合成聚合物的动力学过程模拟。

ACEMD的主要功能及显著特点

支持“云计算”：

    突破传统的分子动力学模拟局限，通过AceCloud接口，支持“云计算”方式运行ACEMD：AceCloud现已在亚马逊网站服务器(Amazon Web Services, AWS)实现对GPU分子动力学软件的支持

兼容性：

ACEMD可在各类分布式64位Linux系统

• 力场： ACEMD可完全兼容CHARMM和AMBER等软件的力场；还包含Particle mesh Ewald (PME)及广义反应力场
• 功能：ACEMD全面覆盖AMBER、CHARMM、NAMD、CellMD、Gromos功能；部分覆盖LAMMPS、GROMACS的功能
• 输入/输出： ACEMD文件与NAMD许可的格式完全兼容；可由VMD和AMBER的辅助工具产生生成分子结构
• 编程扩展： ACEMD完全兼容CUDA、OpenCL编程环境

技术特色：

• 高运算效率，是已知的基于GPU的最快的分子动力学软件：可实现长达4fs时间步长的运算(如H元素的大规模重组)
• 可计算刚性和谐振H键
• 对长程静电作用的粒子网格Ewald(Partile mesh Ewald, PME)方法和广义反应场(generalized reaction field)方法计算，便于根据模拟结果不断修改模拟条件
• 支持TCL脚本编程

计算性能：

         ACEMD是已知世界上单节点最快速的分子动力学(MD)模拟程序，可完成相当于100个CPU计算量的大规模模拟计算。

扩展性：

        ACEMD提供了支持后动态学(metadynamics), 诱导式分子动力学(steered MD)、伞状采样(umbrella sampling), 副本交换(replica exchange)等功能的插件，通过插件接口，ACEMD的功能具有很好的扩展性。用户可根据软件的插件库选择必要的扩展功能支持。

对DHFR的计算性能对比

图表中Fermi、Kepler 分别表示GTX580/680 GPU； Tesla是 M2090. 不考虑Ecc .基于2400个GPU的 CUDA4.2 和ACEMD.编程环境

计算条件：二氢叶酸还原酶(dihydrofolate reductase, DHFR)水溶液,由23558个原子构成，选用周期性边界条件，截断条件为9A, PME长程静电作用大小为64×64×64,计算中考虑H原子大规模重组，刚性H键,郎之万恒温(Langevin thermostat),时间步长4fs.

其余软件的计算步长：NAMD和AMBER时间步长为2fs, DESMOND时间步长为2.5fs, GROMACS时间步长是2.5fs. AMBER的截断条件是8A.

对DHFR-GPU的计算性能对比

计算参数同上.

可靠性：

       ACEMD承担了世界上最大的分布式计算课题(GPUGRID.net)的分子动力学计算引擎，完成了每天数以千计的MD模拟计算。