基于GPU的分子动力学软件ACEMD的简介与安装
日期：2018-01-09
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简介： ACEMD简介ACEMD是一款功能强大的生物分子动力学模拟软件包，该软件对NVIDIA GPU作了专门的优化。在单工作站上，ACEMD已经达到现有分子动力学模拟引擎的效能上限，是已知最
Acellera软件包括HTMD、ACEMD、AceCloud、Parameterize、AceFlow和ACEMD3模块。 ACEMD简介 ACEMD是一款功能强大的生物分子动力学模拟软件包，该软件对NVIDIA GPU作了专门的优化。在单工作站上，ACEMD已经达到现有分子动力学模拟引擎的效能上限，是已知最快的生物分子动力学模拟软件。ACEMD支持CHARMM、AMBER、OPLS和Martini力场计算。 HTMD简介 HTMD是一个特别的分子可编程环境，用于准备、处理、模拟、可视化和分析分子系统HTMD基于Python，用户能够轻松地利用Jupyter Notebook在浏览器中运行IPython进行整个计算实验，从操纵PDB，构建、执行、可视化和分析模拟。 AceCloud简介 AceCloud客户端在Amazon AWS资源上运行ACEMD模拟。一旦配置了AWS访问凭证，用户就不需要直接与AWS控制台交互，它会自动执行所有文件操作。 Parameterize Parameterize 是一种简单有效地获得新分子力场参数的工具。 常用的AMBER和CHARMM力场包含生物分子（蛋白质，核苷酸，糖类，脂质等）的参数，但缺乏其他生物相关分子（辅因子，药物等）的参数。 GAFF和CGenFF通过使用经验规则和预先计算的数据集来推导任意有机分子的参数。但是，这些参数不能保证可转移到所有可能的化学环境。 Parameterize通过使用QM数据改善参数的质量，即重新设定ESP电荷和可旋转的二面角参数。它从根本上解决了可转移性的问题。 ACEMD3 ACEMD3是基于ACEMD 2的重大改进，其新功能包括：CPU支持、改进的性能和简化的输入文件。 HTMD安装 操作系统：CentOS-7-x86_64 硬 件： 安装Anaconda 1.获取Anaconda 一、官网https://www.anaconda.com/download/#linux 二、清华镜像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/ 2.安装 此后依照提示操作即可 3.配置环境变量生效 #Anaconda3 export PATH=/usr/anaconda3/bin:$PATH source ~/.bashrc 4.验证安装 安装HTMD su root conda config --add channels acellera conda config --add channels psi4 conda install htmd 此后依照提示操作即可 注册HTMD htmd_register 运行HTMD 运行ACEMD 运行AceCloud 运行Parameterize Parameterize主要用于处理小分子，兼容Charmm和AMBER力场，尤其小分子GAFF力场。 参考资料 https://software.acellera.com/academic-download.html http://gainstrong.net/works/hudong/2016-01-28/83.html https://software.acellera.com/docs/latest/acemd/index.html https://software.acellera.com/docs/latest/acecloud/index.html https://software.acellera.com/docs/latest/parameterize/index.html
