序 ACEMD ACEMD是一款专门针对NVIDIA图形处理器(GPU)运行而优化的生产级分子动力学软件,是世界上最快的分子动力学引擎之一。该软件使用HTMD在Python中提供了一个功能强大的脚本和扩展接口,允许使用流行的CHARMM和AMBER力场,并允许多主机执行副本交换法。 ACEMD已被用于进行蛋白质,寡糖,核酸和合成聚合物的分子动力学模拟。 HTMD HTMD是一个特别的分子可编程环境,用于准备、处理、模拟、可视化和分析分子系统。HTMD基于Python,因此科学家可以轻松地根据自己的需求进行扩展。使用HTMD可以在几行代码内完成非常复杂的协议。在一个脚本中,可以规划整个计算实验,从操纵PDB,构建、执行和分析模拟。 HTMD兼容ACEMD,NAMD,GROMACS和AMBER。 HTMD是开源的,所以你可以添加你自己的应用程序。 HTMD可以在工作站,集群或亚马逊云端通过AceCloud运行。 HTMD已成功用于FBDD,用于GPCR配体结合,抗体结构分析等。 HTMD入门使用 #!/usr/bin/python3 from htmd import * from htmd.ui import * from htmd.molecule.molecule import Molecule #载入蛋白pdb文件 mol = Molecule('3PTB.pdb') #输出蛋白pdb信息 print(mol) #获取蛋白序列长度 mol.get('serial') #获取所有CYS残基的ID mol.get('resid', sel='resname CYS') #获取58号残基CYS的原子信息 mol.get('name','resname CYS and resid 58') #获取含有CA碳原子的CYS残基 mol.get('resid',sel='name CA and resname CYS') #获取58号残基CYS的所有原子坐标 mol.get('coords','resname CYS and resid 58') #获取58号残基CYS的CA原子坐标 mol.get('coords','resname CYS and resid 58 and name CA') #获取pdb中水分子 mol.get("serial",sel="water") #计算pdb中水分子个数 len(mol.get("serial",sel="water and name O")) #获取pdb氨基酸序列 mol.sequence() #pdb氨基酸残基的突变 mutant = mol.copy() print(mol.get('resname','resid 158')) mutant.mutateResidue('resid 158','ARG') print(mutant.get('resname','resid 158')) #获取配体BEN周围4范围内氨基酸残基 mol.get("resid",sel="name CA and same residue as protein within 4 of resname BEN") #获取插入残基 np.unique(mol.get('resid', sel='insertion A')) ia = mol.copy() ia.filter("insertion A and name CA") rid = ia.get('resid') rn = ia.get('resname') rn = ia.get('resname') for f,b in zip(rn, rid): print(f,b) IPython实战效果
参考资料 https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/userguide.html http://gainstrong.net/works/