ACEMD入门：利用HTMD可视化分子和动力学轨迹--格致斯创(北京)科技有限公司

ACEMD入门：利用HTMD可视化分子和动力学轨迹日期：2018-01-29 标签：阅读：次简介：本节内容主要展示，如何利用HTMD提供的Python环境，在浏览器中运行jupyter notebook进行ACEMD动力学模拟过程中，蛋白、小分子、动力学轨迹的可视化。

序

HTMD是一个特别的分子可编程环境，用于准备、处理、模拟、可视化和分析分子系统。HTMD基于Python，用户能够轻松地利用Jupyter Notebook在浏览器中运行IPython进行整个计算实验，从操纵PDB，构建、执行、可视化和分析模拟。

本节内容主要展示，如何利用HTMD提供的Python环境，在浏览器中运行jupyter notebook进行ACEMD动力学模拟过程中，蛋白、小分子、动力学轨迹的可视化。

Visualization in HTMD

#!/usr/bin/python3

# coding: utf-8

# In[1]:导入模块，开启可视化

from htmd.ui import *

from htmd.config import config

config(viewer='webgl')

%pylab inline

# In[2]:交互式可视化

mol = Molecule('3PTB.pdb') # reloading the molecule

mol.view(gui=False)

# In[3]:可视化参数设置

mol.view(sel='protein', style='NewCartoon', color='Index', hold=True)

mol.view(sel='resname BEN', style='Licorice', color=1)

# In[4]:操作元素属性，并在可视化中显示

mol.reps.remove() # Clear representations

mol.reps.add(sel='protein', style='NewCartoon', color='Index')

mol.reps.add(sel='resname BEN', style='Licorice', color=1)

print(mol.reps) # Show list of representations (equivalent to mol.reps.list())

mol.view()

# In[5]:不显示中间6 Å厚度的原子

mol.reps.remove() # in order to remove the previouly stored representations

mol.view(sel='x*x>9')

# In[6]:可视化轨迹

from htmd.home import home

molTraj = Molecule(home(dataDir='dhfr') + '/dhfr.psf')

molTraj.read(home(dataDir='dhfr') + '/dhfr.xtc')

molTraj.view()

参考资料