ACEMD之利用HTMD准备蛋白
日期：2018-02-08
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简介：ACEMD与HTMD主要用于蛋白、膜蛋白、蛋白蛋白以及蛋白小分子动力学体系。本节主要介绍蛋白的相关处理操作。
序
ACEMD是一款专门针对NVIDIA图形处理器（GPU）运行而优化的分子动力学软件，HTMD在Python中提供了丰富的功能为ACEMD的动力学模拟进行体系的操作、处理、建立、运行、可视化和分析等功能。 ACEMD与HTMD主要用于蛋白、膜蛋白、蛋白蛋白以及蛋白小分子动力学体系。本节主要介绍蛋白的相关处理操作。 Protein Preparation #!/usr/bin/python3 # coding: utf-8 # In[1]:导入模块，开启可视化 from htmd.ui import * config(viewer='ngl') # In[2]:在pH7下准备胰蛋白酶 tryp = Molecule("3PTB.pdb") tryp_op = proteinPrepare(tryp) # In[3]:残基40的质子，并可视化 tryp_op.view(style="Licorice",sel="resid 40",hold=True) tryp_op.view(style="Lines",sel="same residue as exwithin 4 of resid 40") # In[4]:准备蛋白并打印已准备残基数据 tryp_op, prepData = proteinPrepare(tryp, returnDetails=True) prepData # In[5]:索引pandas数据框 prepData.data.columns # In[6]:获取数据框头部前10行数据 prepData.data.loc[:,['resname','resid','pKa','protonation']].head(10) # In[7]:数据写入excel文件 prepData.data.to_excel("./tryp_data.xlsx") # In[8]:膜蛋白的准备以及生产excel报告 from htmd.util import opm mor, thickness = opm("4dkl") print(thickness) mor.filter("protein and noh") mor_opt, mor_data = proteinPrepare(mor, returnDetails=True, hydrophobicThickness=thickness) exposedRes = mor_data.data.membraneExposed mor_data.data[exposedRes] mor_data.data[exposedRes].to_excel("./mor_exposed_residues.xlsx") 参考资料 https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/tutorials/protein-preparation.html https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/userguide/advancedbuilding.html http://gainstrong.net/works/hudong/
