ACEMD之HTMD高级应用：建立蛋白-蛋白相互作用体系
日期：2018-03-29
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简介：HTMD在准备蛋白体系方面比较智能有明显的优势，能够方便的就行操作并在浏览器中进行可视化。对于从事蛋白、蛋白-蛋白和蛋白-抗体动力学模拟的用户提供了很多遍便利。用户只需有基本的Python基础就可以很轻松的运用HTMD构建相关体系。本文就介绍一个蛋白-蛋白动力学体系构建的实例。
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HTMD在准备蛋白体系方面比较智能有明显的优势，能够方便的就行操作并在浏览器中进行可视化。对于从事蛋白、蛋白-蛋白和蛋白-抗体动力学模拟的用户提供了很多遍便利。 用户只需有基本的Python基础就可以很轻松的运用HTMD构建相关体系。本文就介绍一个蛋白-蛋白动力学体系构建的实例。 Building for protein-protein interactions #!/usr/bin/python3 # coding: utf-8 # In[1]:导入模块，开启可视化 from htmd.ui import * config(viewer='ngl') # In[2]:加载蛋白 barnase = Molecule('2f4y') barstar = Molecule('2hxx') # In[3]:清理蛋白结构 barnase.filter('chain A') barstar.filter('chain A') # In[4]:开启可视化，双显 from ipywidgets.widgets import Box; w = [] w.append(barnase.view()) w.append(barstar.view()) Box(children=(w[0],w[1])) # In[5]:突变修饰残基 barstar.mutateResidue('resname 4IN', 'TRP') # In[6]:分配链，并重命名 barnase.set('chain', 'A', 'protein') barstar.set('chain', 'B', 'protein') barnase.set('segid', 'BRN') barstar.set('segid', 'STR') # In[7]:分别分配添加水分子 barnase.set('segid', 'W1', 'water') barstar.set('segid', 'W2', 'water') # In[8]:合并两个蛋白质 mol = Molecule() mol.append(barnase) mol.append(barstar) # In[9]:居中 mol.center() # In[10]:计算体系半径 from htmd.molecule.util import maxDistance D = maxDistance(mol); print(D) # In[11]:添加合适的溶剂盒子 D += 5 smol = solvate(mol, minmax=[[-D, -D, -D],[D, D, D]]) # In[12]:建立体系的charmm力场溶剂化体系 molbuilt = charmm.build(smol, outdir='./build/') 运行代码块产生的体系相关坐标和拓扑文件。 # In[13]:可视化构建的体系 molbuilt.view(sel='protein',style='NewCartoon', color='Secondary Structure', hold=True) molbuilt.view(sel='water',style='lines') 参考资料 https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/tutorials/system-building-protein-protein.html https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/userguide/introduction.html https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/userguide/building.html http://gainstrong.net/works/hudong/
