HTMD是一个HTMD基于Python的分子可编程环境，用于准备、处理、模拟、可视化和分析分子系统。用户使用HTMD可以在几行代码内完成非常复杂的协，且HTMD是开源的，所以你可以添加你自己的应用程序

由于其基于Python，其可视化及分析作图是其非常大的优势，可以很好地利用Python的作图功能进行动力学数据的分析作图。本文主要介绍蛋白构象变化的分析，以及计算RMSD、自由能RMSF等。

# In[1]:导入模块，开启视图与可视化

# In[2]:过滤轨迹

# In[3]:计算metrics，选择10到54的残基，设置时间步长

# In[4]:绘制轨迹长度

# In[5]:降维

# In[6]:聚类

# In[7]:计算MaximumLikelihoodMSM并绘图

# In[8]:建立马尔科夫模型

# In[9]:可视化

# In[10]:统计分析

# In[11]:过滤数据并可视化

# In[12]:获取一段轨迹

# In[13]:输出获取轨迹信息

# In[14]:获取数据文件路径

# In[15]:提取2000帧轨迹

# In[16]:计算metrics

# In[17]:降维

# In[18]:聚类

# In[19]:#绘制timescales

# In[20]:建立马尔科夫模型

# In[21]:可视化

# In[22]:

# In[24]:获取数据文件路径

# In[25]:提取2000帧轨迹

# In[26]:获取文件集合

# In[27]:计算与参考轨迹的RMSD

# In[28]:绘制口袋变化的RMSD图

# In[29]:可视化轨迹，建立video

1.https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/userguide/introduction.html

2.https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/userguide/building.html

3.https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/userguide/running.html

4.https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/userguide/analysing.html

5.http://gainstrong.net/works/hudong/