由于其基于Python,其可视化及分析作图是其非常大的优势,可以很好地利用Python的作图功能进行动力学数据的分析作图。本文主要介绍蛋白构象变化的分析,以及计算RMSD、自由能RMSF等。
序
HTMD是一个HTMD基于Python的分子可编程环境,用于准备、处理、模拟、可视化和分析分子系统。用户使用HTMD可以在几行代码内完成非常复杂的协,且HTMD是开源的,所以你可以添加你自己的应用程序 由于其基于Python,其可视化及分析作图是其非常大的优势,可以很好地利用Python的作图功能进行动力学数据的分析作图。本文主要介绍蛋白构象变化的分析,以及计算RMSD、自由能RMSF等。 Conformational analysis #!/usr/bin/python3 # coding: utf-8 # In[1]:导入模块,开启视图与可视化 from htmd.ui import * config(viewer='ngl') %pylab inline # In[2]:过滤轨迹 # In[3]:计算metrics,选择10到54的残基,设置时间步长 # In[4]:绘制轨迹长度 # In[5]:降维 # In[6]:聚类 # In[7]:计算MaximumLikelihoodMSM并绘图 # In[8]:建立马尔科夫模型 # In[9]:可视化 # In[10]:统计分析 # In[11]:过滤数据并可视化 # In[12]:获取一段轨迹 # In[13]:输出获取轨迹信息 # In[14]:获取数据文件路径 # In[15]:提取2000帧轨迹 # In[16]:计算metrics # In[17]:降维 # In[18]:聚类 # In[19]:#绘制timescales # In[20]:建立马尔科夫模型 # In[21]:可视化 # In[22]: # In[24]:获取数据文件路径 # In[25]:提取2000帧轨迹 # In[26]:获取文件集合 # In[27]:计算与参考轨迹的RMSD # In[28]:绘制口袋变化的RMSD图 # In[29]:可视化轨迹,建立video 参考资料 1.https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/userguide/introduction.html 2.https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/userguide/building.html 3.https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/userguide/running.html 4.https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/userguide/analysing.html 5.http://gainstrong.net/works/hudong/