分子动力学模拟GROMACS(初级培训班)第一轮通知日期:2018-03-16 12:43:46 阅读:

 

联合主办单位:格致斯创迅奇(北京)科技有限公司&中国吕梁云计算中心

时间:2018年4月21~23日    

地点:北京应物会议中心
 
        格致斯创已成功举办多次分子动力学软件培训班,学员达到上百名,收到越来越多的模拟计算软件爱好者的支持和好评,为了满足更多的学员能够有机会参加学习,格致斯创公司将于2018年4月21~23日在北京应物会议中心举办“分子动力学模拟GROMACS—初级培训班”欢迎各位老师和同学报名参加!

       GROMACS是一款功能强大的分子动力学计算软件,开源免费,可扩展性强,计算速度快,主要用于蛋白质、磷脂、核酸等生物体系的模拟,亦可用于聚合物、超分子自组装等非生物体系的大尺度分子动力学计算。支持Amber、CHARMM、GROMOS、OPLS和粗粒化Martini等多种分子力学力场模型。力场和参数文件为纯文本格式,方便用户编辑。同时,集成了多种命令处理输入和输出文件,且所有命令具有近似统一的调用格式,简单易学,吸引了越来越多从事生物分子模拟的科研工作者使用。

       本次基础培训班可以为广大GROMACS初学者提供一个良好学习平台,在较短的时间内对分子动力学理论以及GROMACS使用的基础知识进行更有效的掌握,为今后更深一步的分子动力学模拟打下坚实的基础。

       所有来参加培训的学员都可以进行上机操作练习,由中国吕梁云计算中心将为学员提供充足稳定的测试资源,中心采用天河二号主机系统,全系统峰值性能3.28Pflops,每个计算结点包含2个Xeon E5 12核心的多核中央处理器和3个Xeon Phi 57核心的众核加速器,共195个计算核心。每个结点拥有64GB主存,而每个Xeon Phi协处理器板载8GB内存,故每结点共88GB内存。每个计算节点峰值浮点性能3.432TFlops。相信优质稳定的测试资源会给每位学员带来愉悦的体验,得到更多的收获。

      为了确保培训质量,本次GROMACS培训班限额36人,报满即止!
 

►培训课程:

 
第一天
8:30--9:00                              学员报道,领取资料

9:00--11:30                       分子模拟简介;分子模拟方法的选择;分子动力学理论:模拟框架、积分方法、分子力学、系统、常用软件等。

13:30--17:00                       生物分子三维结构展示软件学习(Discovery Studio Visualizer)GROMACS的编译/Linux基础/作业提交GROMACS文件类型与参数设置


第二天
8:30--11:30 GROMACS上机实践1
 
溶剂体系
利用GROMACS完成水和有机溶剂(甲醇和环己烷)的模拟,进行温度、密度、偶极矩、介电常数、蒸发焓、扩散系数、径向分布等计算分析。
学员在此阶段可学习Amber力场参数的构建、标准的分子动力学计算流程以及GROMACS内置的数据分析程序,以及加深对GROMACS文件类型、分子处理、参数设置和关键命令的理解。
 
13:30--17:00 GROMACS上机实践2
 
蛋白质/蛋白质-配体复合物体系
利用GROMACS完成蛋白质、蛋白质/配体在水溶液中的模拟计算,分析蛋白质的柔性、二级结构、亲/疏水面积、回旋半径、蛋白质/配体的结合能、距离、氢键等分析,
并利用Discovery Studio Visualizer制作高质量三维结构图片。
学员在此阶段可学习GROMACS对蛋白质和配体坐标文件的处理命令,了解软件对混合分子体系(蛋白质/配体/离子/水)的参数设置,进一步掌握GROMACS软件对蛋白质体系的分析程序。

第三天
8:30--11:30 GROMACS上机实践3
 
双相体系
利用GROMACS完成双相体系(甲醇/水、环己烷/水)的设置以及核酸片段在双相体系中的分子模拟。
学员在此阶段可学习GROMACS对混合溶剂体系的处理和构建以及VMD软件对模拟轨迹文件的可视化,复习混合分子体系参数的设置,了解GROMACS对核酸分子的处理,尝试手动编辑力场参数文件。
 
13:30--17:00 GROMACS上机实践4

全原子和粗粒化分子动力学模拟实例讲解。通过多个实例的演示,加强学员对GROMACS软件适用范围、mdp和top文件类型的编写、系统平衡、时间步长选择、力场参数选择和构建、出错调试等一系列重要问题的认识。

答疑解惑,互相讨论。


 
 
►主讲人介绍:
  张老师,工学博士,有丰富的GROMACS使用经验,运用GROMACS所做的科研工作已发表在Journal of Physical Chemistry Letter,Journal of Chemical Theory and Computation,Journal of Chemical Information and Modeling等国际学术刊物。 
    
►培训班报名:
请编辑信息:单位-姓名-邮箱-电话至邮箱 info@gainstrong.net
 或者点击在线报名:分子动力学模拟GROMACS初级培训班

►培训班联系人: 
刘经理,电话010-67506231,
QQ:2938469688 
邮箱:liuhuanhuan@gainstrong.net
 
►培训班费用:
(包含教材费,培训费,午餐,不含差旅费用)
同一单位2人或以上参加,可享受优惠
 
人员 一人参加 两人及以上
老师 2500元/人 2200元/人
学生 2000元/人 1700元/人
 
 
 
►汇款账号:
户名:格致斯创迅奇(北京)科技有限公司
开户银行:中国民生银行股份有限公司北京广安门支行
账号:693438855
 
►培训地点:
北京应物会议中心 
地址:北京市海淀区花园路6号(近元大都遗址公园)  
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