分子动力学模拟GROMACS（初级培训班）第一轮通知日期：2018-03-16 12:43:46 阅读：次

 

联合主办单位:格致斯创迅奇（北京）科技有限公司&中国吕梁云计算中心

时间：2018年4月21~23日    

地点：北京应物会议中心
 
        格致斯创已成功举办多次分子动力学软件培训班，学员达到上百名，收到越来越多的模拟计算软件爱好者的支持和好评，为了满足更多的学员能够有机会参加学习，格致斯创公司将于2018年4月21~23日在北京应物会议中心举办“分子动力学模拟GROMACS—初级培训班”欢迎各位老师和同学报名参加！

       GROMACS是一款功能强大的分子动力学计算软件，开源免费，可扩展性强，计算速度快，主要用于蛋白质、磷脂、核酸等生物体系的模拟，亦可用于聚合物、超分子自组装等非生物体系的大尺度分子动力学计算。支持Amber、CHARMM、GROMOS、OPLS和粗粒化Martini等多种分子力学力场模型。力场和参数文件为纯文本格式，方便用户编辑。同时，集成了多种命令处理输入和输出文件，且所有命令具有近似统一的调用格式，简单易学，吸引了越来越多从事生物分子模拟的科研工作者使用。

       本次基础培训班可以为广大GROMACS初学者提供一个良好学习平台，在较短的时间内对分子动力学理论以及GROMACS使用的基础知识进行更有效的掌握，为今后更深一步的分子动力学模拟打下坚实的基础。

       所有来参加培训的学员都可以进行上机操作练习，由中国吕梁云计算中心将为学员提供充足稳定的测试资源，中心采用天河二号主机系统，全系统峰值性能3.28Pflops，每个计算结点包含2个Xeon E5 12核心的多核中央处理器和3个Xeon Phi 57核心的众核加速器，共195个计算核心。每个结点拥有64GB主存，而每个Xeon Phi协处理器板载8GB内存，故每结点共88GB内存。每个计算节点峰值浮点性能3.432TFlops。相信优质稳定的测试资源会给每位学员带来愉悦的体验，得到更多的收获。

      为了确保培训质量，本次GROMACS培训班限额36人，报满即止！
 

►培训课程：
 
第一天
8:30--9:00                              学员报道，领取资料

9:00--11:30                       分子模拟简介；分子模拟方法的选择；分子动力学理论：模拟框架、积分方法、分子力学、系统、常用软件等。

13:30--17:00                       生物分子三维结构展示软件学习（Discovery Studio Visualizer）GROMACS的编译/Linux基础/作业提交GROMACS文件类型与参数设置

第二天
8:30--11:30 GROMACS上机实践1
 
溶剂体系
利用GROMACS完成水和有机溶剂（甲醇和环己烷）的模拟，进行温度、密度、偶极矩、介电常数、蒸发焓、扩散系数、径向分布等计算分析。
学员在此阶段可学习Amber力场参数的构建、标准的分子动力学计算流程以及GROMACS内置的数据分析程序，以及加深对GROMACS文件类型、分子处理、参数设置和关键命令的理解。
 
13:30--17:00 GROMACS上机实践2
 
蛋白质/蛋白质-配体复合物体系
利用GROMACS完成蛋白质、蛋白质/配体在水溶液中的模拟计算，分析蛋白质的柔性、二级结构、亲/疏水面积、回旋半径、蛋白质/配体的结合能、距离、氢键等分析，
并利用Discovery Studio Visualizer制作高质量三维结构图片。
学员在此阶段可学习GROMACS对蛋白质和配体坐标文件的处理命令，了解软件对混合分子体系（蛋白质/配体/离子/水）的参数设置，进一步掌握GROMACS软件对蛋白质体系的分析程序。
第三天
8:30--11:30 GROMACS上机实践3
 
双相体系
利用GROMACS完成双相体系（甲醇/水、环己烷/水）的设置以及核酸片段在双相体系中的分子模拟。
学员在此阶段可学习GROMACS对混合溶剂体系的处理和构建以及VMD软件对模拟轨迹文件的可视化，复习混合分子体系参数的设置，了解GROMACS对核酸分子的处理，尝试手动编辑力场参数文件。
 
13:30--17:00 GROMACS上机实践4

全原子和粗粒化分子动力学模拟实例讲解。通过多个实例的演示，加强学员对GROMACS软件适用范围、mdp和top文件类型的编写、系统平衡、时间步长选择、力场参数选择和构建、出错调试等一系列重要问题的认识。

答疑解惑，互相讨论。

 
 
►主讲人介绍：
  张老师，工学博士，有丰富的GROMACS使用经验，运用GROMACS所做的科研工作已发表在Journal of Physical Chemistry Letter，Journal of Chemical Theory and Computation，Journal of Chemical Information and Modeling等国际学术刊物。 
    
►培训班报名：
请编辑信息：单位-姓名-邮箱-电话至邮箱 info@gainstrong.net
 

►培训班联系人： 
刘经理，电话010-67506231，
QQ：2938469688 
邮箱：liuhuanhuan@gainstrong.net
 
►培训班费用：
（包含教材费，培训费，午餐，不含差旅费用）
同一单位2人或以上参加，可享受优惠
 
人员 一人参加 两人及以上
老师 2500元/人 2200元/人
学生 2000元/人 1700元/人
 
 
 
►汇款账号：
户名：格致斯创迅奇（北京）科技有限公司
开户银行：中国民生银行股份有限公司北京广安门支行
账号:693438855
 
►培训地点：
北京应物会议中心 
地址：北京市海淀区花园路6号（近元大都遗址公园）  
 应物会议中心.jpg