ACEMD平台--“分子动力学可编程环境” ACEMD平台--“分子动力学可编程环境” 日期：2017-02-26 标签： 阅读：次 简介：ACEMD平台是提供给从事计算和药物化学研究课题组的软件接口工具，用于部署在工作站、集群和云计算的分子动力学模拟计算的准备、运行和分析





 ACEMD平台“分子动力学可编程环境”
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概要

 
ACEMD平台是提供给从事计算和药物化学研究课题组的软件接口工具，用于部署在工作站、集群和云计算的分子动力学模拟计算的准备、运行和分析。平台已集成的软件有:
 
 
 
·      HTMD
 
·      ACEMD
 
·      AceCloud
 
HTMD 提供了针对指定分子的可编程环境，用于对分子体系的模型构建与操控、模拟、可视化和结果分析。HTMD基于Python开发，方便科研工作者根据自己的需要拓展其功能。利用HTMD，可以用较少的代码实现复杂的功能。HTMD已成功地用于对FBDD和GPCR软件的配体成键、抗体结构分析等方面研究。
 
ACEMD 是目前基于GPU计算的最高速分子动力学软件。ACEMD对GPU的计算能力的利用，已由最初分子动力学初始设置，到现在可用GPU完成分子动力学优化过程。ACEMD的语法规则，允许ACEMD同时使用包括Charmm或Amber生成的力场在内的文件完成计算
 
AceCloud 提供了可“透明运行”的ACEMD、Amber、Charmm和Gromacs分子动力学软件模拟，并建立了新型机制，允许用户在AceCloud 的AWS算例上运行任何代码(如NAMD和Amber)。AceCloud的编码方式符合主要工业安全标准。
 
 
特色
 

· 简单的程序包安装

 

· 支持方式包括e-mail，客服和github

 

· 数以秒计的由初始条件快速完成MD的输入文件

 

· 基于“配体式”量子力学参数化模块的快速CPU/GPU计算实现

 

· 可用于ACEMD的适应性采样

 

· 高级编程协议的TCL脚本编程接口(控制分子动力学模拟进程、伞状采样、后动态学和接口界面)

 

· 采用PME模型计算长程静电作用

 

· 稳定的团簇轨迹的统计力学方法

 

· 适用Markov态的模型分析

 

· 可由残余时间得到计算常数

 

· 基于药物开发的分段技术(FBDD)

 

· 可通过云方式计算

 

· 完整的手册、说明和算例

 
 
ACEMD 性能
 
硬件 (# GPU cores)                                 性能
 
 
ACEMD 1 K20 GPU 2496 cores1           100 ns/day
 
ACEMD 1 K80 GPU 4992 cores1           120 ns/day
 
ACEMD 1 GTX1080 GPU 2560 cores1       500 ns/day
 
模型：二氢叶酸还原酶(DHFR)溶于水，23558个原子，周期性边界条件，64×64×64的PME截断参数9Å，刚性成键，长时间步长方法4 飞秒
1 CUDA 3.1系统配置: X5570 CPU、2393 G Hz、IB双路DDR
 
参考文献
·  M. Harvey, G. Giupponi and G. De Fabritiis, ACEMD: Accelerated molecular dynamics simulations in the microseconds timescale, J.Chem. Theory and Comput. 5, 1632 (2009).
 
 

关于HTMD、ACEMD和AceCloud

https://www.htmd.org/docs/latest/api.html

http://docs.acellera.com/acemd/

 

 

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