支持GPU和CPU分子动力学计算的ACEMD3简介与安装
日期：2018-11-09
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简介：为了使拥有CPU硬件的用户也能使用ACEMD软件，开发人员针对CPU开发了ACEMD3，使得ACEMD支持CPU和GPU生物分子动力学计算。
序 ACEMD是一款功能强大的生物分子动力学模拟软件包，该软件对NVIDIA GPU作了专门的优化，是已知最快的生物分子动力学模拟软件。ACEMD支持CHARMM、AMBER、OPLS和Martini力场计算。 为了使拥有CPU硬件的用户也能使用该软件，开发人员针对CPU开发了ACEMD3，使得ACEMD支持CPU和GPU生物分子动力学计算。 ACEMD3简介 ACEMD3基于ACEMD 2进行了许多改进，其新功能包括：CPU支持、改进的性能和简化的输入文件等。 如果您没有有效的ACEMD Pro许可证，需要单独通过conda安装，程序将以基本模式运行，使用命令acemd3运行ACEMD3，操作运行于CPU或仅限于系统中的第一个GPU。 如果您拥有ACEMD Pro许可证，则可以在多GPU硬件上运行，可以指定GPU使用数目。如果仅CPU模式下运行，请使用参数 --platform CPU；除非设置了环境变量，否则ACEMD3将尝试使用所有可用的CPU核心。 ACEMD3安装 ACEMD3与HTMD的安装一样，都是通过Anaconda的conda命令进行安装。 安装Anaconda 参考《基于GPU的分子动力学软件ACEMD的简介与安装》 安装ACEMD3 如果您已经安装过HTMD，按如下命令安装： su root conda install acemd3 -c acellera -y 如果您之前没安装过HTMD，按如下命令安装： su root conda config --add channels acellera conda config --add channels psi4 conda install acemd3 -c acellera -y 此处，已经安装过HTMD，故安装效果如下 运行ACEMD3 参考资料 http://gainstrong.net/works/hudong/2018-01-09/90.html https://software.acellera.com/academic-download-htmd.html https://software.acellera.com/docs/latest/acemd3/index.html#installing-acemd3
